发货两个月了还可以补办产地证吗

当然可以补办。中澳FTA原产地证不仅是清关资料文件之一，同时客户拿去还可以享受关税优惠，客户之所以让您补交原产地证是因为他们当时进口时是交税清关提货的，现在要去办理退税就得需要提供中澳FTA产地证，出口到澳大利亚经常有需要补办原产地证的，原产地证开船一年内都可以补办，补办所需资料和正常办理所需资料是一样的。